من المعروف بين الباحثين والمختصين في العمارة الإسلامية أن المسجد الأقصى الحالي هو البناء الثاني الذي تم إنشاؤه. المسجد الأقصى الأول كان قد بناه الخليفة الراشدي عمر بن الخطاب (13-23 هجرية/ 634-644 ميلادية) بعد الفتح الإسلامي لبيت المقدس في سنة 15 هجرية/ 636 ميلادية. كان المسجد الأول يقع في الجهة الجنوبية الشرقية للحرم الشريف وامتاز ببنائه البسيط. يبدو أن هذا المسجد لم يصمد طويلًا أمام التغيرات البيئية والعوامل الطبيعية، مما دفع الأمويين إلى بناء المسجد الأقصى الحالي.
بنى الخليفة الأموي الوليد بن عبد الملك المسجد الأقصى المبارك بين عامي 90 و96 هجرية (709-714 ميلادية). وثائق البردى تؤكد ذلك من خلال مراسلات بين قرة بن شريك، عامل مصر الأموي، وأحد حكام الصعيد، حيث تضمنت نفقات العمال المشاركين في بناء المسجد.
يتألف المسجد الأقصى من رواق أوسط كبير يمتد من الشمال إلى الجنوب، ويقوم على أعمدة رخامية، وينتهي بقبة عظيمة كروية الشكل. القبة تتكون من طبقتين، داخلية وخارجية، مزينة بالزخارف الفسيفسائية من الداخل ومغطاة بصفائح النحاس المطلية بالذهب من الخارج، والتي استبدلت حديثاً بألواح من الرصاص.
يحيط بالرواق الأوسط ثلاثة أروقة من كل جانب، موازية له وأقل ارتفاعاً. الأروقة الغربية مغطاة بالأقبية المتقاطعة، بينما الأروقة الشرقية مغطاة بسقوف خرسانية. يدخل المسجد من خلال سبعة أبواب في الواجهة الشمالية، بالإضافة إلى أبواب أخرى في الجهتين الغربية والشرقية، وباب واحد في الجهة الجنوبية.
تعرض المسجد الأقصى لعدة هزات أرضية عبر التاريخ، مما أدى إلى ترميمه وإعادة بنائه في فترات مختلفة، مثل الفترة العباسية والفاطمية. خلال الغزو الصليبي، تم تحويل المسجد إلى كنيسة ومساكن لفرسان الهيكل، واستخدمت الأروقة الواقعة أسفل المسجد كإسطبلات للخيول.
بعد الفتح الصلاحي بقيادة صلاح الدين الأيوبي، تم تطهير المسجد وإعادة ترميمه. من أهم الترميمات التي أنجزها صلاح الدين تجديد وتزيين محراب المسجد وإحضار المنبر الخشبي الذي صنع في عهد السلطان نور الدين زنكي.
تابع الأيوبيون والمماليك والعثمانيون الاهتمام بالمسجد الأقصى، حيث قاموا بترميمات عديدة للحفاظ عليه. في العصر الحديث، استمرت أعمال الترميم في عهد الهاشميين من خلال لجنة إعمار المسجد الأقصى المبارك وقبة الصخرة المشرفة.
